Cikal bakal masyarakat Desa Lonca berasal dari rumpun sub suku bangsa Powatua, yang merupakan bagian dari suku Kulawi. Sub suku Powatua sendiri terdiri atas orang-orang yang mendiami wilayah Pipikoro bagian timur hingga ke daerah Pili Makujuwa. Masyarakat Powatua dikenal sebagai peladang berpindah-pindah yang senantiasa berpindah lokasi untuk membuka lahan pertanian baru, hingga akhirnya menetap di Pili Makujuwa (Kecamatan Kulawi Selatan).

Dengan semakin bertambahnya jumlah penduduk dan keterbatasan lahan garapan, sebagian masyarakat Powatua mencari daerah baru untuk membuka lahan pertanian. Mereka berjalan ke arah barat dari Kulawi dan akhirnya menemukan tempat yang disebut Ue Susu, yang berada di hilir Sungai Miu. Di tempat ini mereka mulai membuka lahan pertanian baru. Sebagian lagi menyebar ke daerah Bulu Langa, yang kini dikenal sebagai cikal bakal Desa Winatu.

Sekitar tahun 1900-an, seorang kepala keluarga dari Bulu Langa membuka lahan pertanian di lereng gunung sebelah barat dan membangun tempat tinggal di atas bukit tersebut. Tempat itu kemudian dikenal dengan nama Bolae, yang menjadi cikal bakal komunitas baru. Dari Bolae, mereka kemudian pindah ke daerah yang lebih rendah di tepi sungai kecil bernama Ue Lonca. Sungai kecil ini diberi nama "Lonca" karena banyaknya pohon langsat (dalam bahasa daerah: Langsat = Lonca) yang tumbuh di sekitarnya. Tempat ini kerap digunakan untuk mandi dan beristirahat di bawah pohon langsat yang rimbun.
Seiring berjalannya waktu, wilayah di sekitar Ue Lonca pun semakin berkembang dan masyarakat menyebutnya dengan nama Lonca, sesuai dengan sebutan dalam bahasa daerah “To Lonca”. Dari situlah nama desa ini dikenal hingga sekarang sebagai Desa Lonca.

Pada sekitar tahun 1970, terjadi bencana tanah longsor yang menghancurkan dan menimbun permukiman penduduk di wilayah Lonca. Akibatnya, masyarakat eksodus dan berpindah menetap ke seberang Sungai Miu. Wilayah baru inilah yang kemudian menjadi Desa Lonca hingga saat ini.

Desa Lonca dihuni oleh tiga kelompok etnis yang membentuk keragaman budaya lokal, yaitu:
1. Etnis Powatua
2. Etnis Toraja
3. Etnis Da’a
Pada masa awal pemerintahan, Desa Lonca dipimpin oleh seorang pemimpin adat yang disebut Kepal